2、按不同的沖水方式，馬桶又可以分為沖水式和虹吸式，虹吸式沖水又可以分為漩渦式虹吸和噴射式虹吸兩種。
沖水式馬桶利用水流的衝力來沖走污物，沖水系統結構比較簡單、容易安裝，能沖掉較大的污物，馬桶管徑較大，不易造成管道堵塞。缺點是沖水聲音響、防臭較差、容易積藏污垢。
虹吸式馬桶的沖水原理是在排水管充滿水後形成一定的水位差，通過排污管的吸力將污物吸走。漩渦式虹吸將沖水口設於馬桶底部的一側，沖水時水流沿池壁形成旋渦，加大水流對池壁的沖洗力度，同時也加大吸力，更利於將污物排出；噴射式虹吸在馬桶內底部增加一個噴射副道，沖水時，水一部分從馬桶周圍的布水孔流出，另一部分由噴射口噴出，借助較大的水流沖力，將污物快速沖走。
虹吸式沖水的優點是噪音少、防臭功能好、設計新穎、容易沖掉黏附在馬桶表面的污物；缺點則是耗水量較大、管徑小、容易堵塞，使用虹吸式馬桶要準備一個紙簍裝廢紙。

3、按馬桶的排水位置，又可分為地排馬桶和掛壁式馬桶，掛壁式馬桶具有節省空間，美觀的優點，但掛壁式馬桶都是沖水式馬桶，衝水聲音大，安裝較複雜；地排式馬桶可選擇的範圍更多，安裝較簡便，但缺點是佔空間。

4、按馬桶的功能分，有普通馬桶和多功能馬桶。普通馬桶操作簡便、價格便宜、安裝方便，缺點就是功能少，容易積藏細菌，式樣老套。多功能馬桶或智能馬桶是提供了更加多的功能，大大提升瞭如廁的潔淨舒適感。缺點是操作複雜、價格昂貴、其洗淨功能對大部分消費者來講還難以接受。